Bahía Portete, con más de 14.000 hectáreas y conviviendo de forma armónica durante más de 30 años junto al puerto de exportación de carbón de Cerrejón, es el área con más pastos marinos del Caribe colombiano, con un 80% del total de los existentes en la región según el Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras José Benito Vives de Andréis (INVEMAR). Asimismo, un reciente estudio realizado por esta misma entidad determinó el buen estado de conservación de las tres especies de pastos marinos presentes en la zona.

Cerrejón liberó en su hábitat natural a un flamenco rosado que había sido encontrado herido y desorientado en el área rural de Maicao y que estuvo un mes en tratamiento y recuperación en el Centro de Rehabilitación de Fauna de la empresa. El ave fue liberada en el Distrito de Manejo Integrado Musichi, área regional protegida localizada en el municipio de Manaure.

Cerrejón cuenta con una Base de Monitoreo Ambiental, que opera las 24 horas del día los siete días de la semana, que vigila el comportamiento de la calidad de aire y el cumplimiento de los estándares para el control de las emisiones de polvo. De esta forma, se asegura que la operación minera y portuaria de la compañía siempre cumple la normatividad colombiana.

Un estudio realizado por el Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras José Benito Vives de Andréis (INVEMAR) estableció la presencia y el buen estado de conservación de 16 especies de coral que habitan en áreas vecinas a las operaciones de Puerto Bolívar y en el Parque Nacional Natural Bahía Portete.